- Люди живут на Луне. 
В результате роста населения окружающая среда на Земле постепенно разрушалась и в итоге стала не пригодной для существования. Поверхность скрыло от Солнца (предположительно облаками выхлопных газов из труб заводов и пр.) в результате чего из космоса она выглядела ржавой, но это не значит, что Земля заржавела буквально.
Люди иммигрировали на Луну. На поверхности Луны был построен искусственный мир и люди жили внутри этого мира, но над поверхностью Луны. Этот искусственный мир позволил на меньшей поверхности Луны разместить всё население Земли из-за того, что он был разделен на множество слоев или уровней.
Когда Ура говорит, что люди пришли из Моря, он имеет в виду, что первые поселения на Луне были построены в Море Спокойствия.

Практически весь фильм состоит из воспоминаний Уры. Единственное, что он делает практически весь фильм - поднимается вверх по лестнице на верхние уровни "мира". Затем он забирается в подъемник и взлетает вверх, чтобы увидеть искусственно созданное небо (облака и прочее по-видимому созданы жизнеобеспечивающим оборудованием и подняты вверх, чтобы создать подобие тонкой атмосферы). Гигантская рокета, которую он видит, скорее всего является миграционным кораблем. В самом конце он видит Землю, но вместо ржавой Земли, которую оставили люди, он видит Землю голубую, которая за много лет смогла себя восстановить. Об этом и пела Ёко в своей песне и говорила в интервью. Она покинула Землю, и её песня по существу является "молитвой" за Землю, в надежде, что однажды Земля вновь проснётся от лучей утреннего зари после долгого сна восстановления.

- Книги.
Представляют собой сложную систему, состоящую из особой бумаги и электроники. Бумага скорее всего является усовершенствованной версией электронной бумаги (e-paper). Она позволяет записывать на себя цифровую информацию. Как видно, книги явлются также и средством связи, нужно только перелестнуть страницы на страницу связи и ты можешь получать звонки от другого человека с книгой. Кроме того, это очень надежный и гибкий компьютер - всё-таки упасть с высоты сотни этажей и продолжать работать у нас не способна ни одна техника.
Видя, как эти книги отличаются от наших, можно понять почему Ура не мог определить, что именно он увидел в клипе.

- Анализ видео
Огромное количество архивов было оставленно первыми коллонизаторами, поэтому их восстанавливают чтобы узнать предысторию. Чтобы восстановить звуковые данные в клипе, Ура использует программу, которая считывает данные из движений рта девушки и сравнивает их с исходными звуковыми данными. Поэтому он сам проговаривал слова. Компьютер считывает слова с губ девушки, сверает со словами в звуковых данных, чтобы быть уверенным, что восстановление прошло успешно. Поэтому на дисплее находились звуковые сэмплы с произношением слов "Море", "Небо" и "Бледный Кокон".

- Архивы в архивах
Такое ощущение, что "Реальность", которую мы видим в фильме, также является архивами, частью истории. В них рассказывается о многих слоях прошлого -- что мир на луне имеет "историю" своего создания, что восстанавливающие архивы отделы когда-то процветали, и т.д.

- Религиозный символизм
Как говорят ансабберы из HF-Network - он присутствует. Особенно в песне, когда Ёко поёт о последнем ангеле и символе веры, возможно это было взято из Апокалипсиса или чего-то вроде.
От себя скажу, что в случае с песней всё запутанно, так как точного перевода пока нет. Но про последнего ангела она поёт точно.